Már az őskorban (újkőkor, rézkor és bronzkor) lakott terület volt. A római korban a Savaria-Sopianae út érintette Marcali környékét. A történészek 1274-re teszik a település nevének első előfordulását. Marcel - a latin Marcus egyik változata - tehát a település névadója lehet, mely esetben a Marcali elnevezés azt jelenti, hogy Marcel tulajdona, birtoka. Mai nevével a XIV. század elején szerepelt először, amikor birtokosa előnévként felveszi. A Marczaliak Zsigmond király uralkodása idején kezdenek felemelkedni. Marczali Miklós erdélyi vajda lesz, míg fiai, Vajdafi Imre és János, koruk kiemelkedő hadvezéreiként, diplomatáiként tevékenykednek. Az 1400-as évek közepén temploma, várkastélya, iskolája volt. 1448-ban már oppidumként (mezővárosként) említik, vásártartási joga volt. 1544-ben jutott először török kézre, Szigetvár eleste után erősségét felgyújtották, katonái elmenekültek. A XVII. századra teljesen elnéptelenedett a település. A török kiűzése utáni új birtokosai a Széchenyiek lettek, akik uradalmi központot alakítottak ki, iparosokat hoztak, sóelosztó hivatalt, postakocsi-állomást létesítettek, és városrendezést hajtottak végre. 1722-ben mezőváros. Marcali 1735-49-ig a megyegyűlések színtere volt, 1772-ben Mária Teréziától ismét mezővárosi rangot kapott. 1848-49-ben Noszlopy Gáspár kormánybiztosként innen irányítja a megyei harcokat. A XIX. század elejétől járási székhely. A Déli-Vasút építése elkerülte Marcalit, ez visszavette a fejlődést.Viszont 1893. október 24. megnyílt a Balatonszentgyörgy-Somogyszob közötti szárnyvonal, ez némileg megkönnyítette az itt élő emberek életét. A két világháború közötti időben építkezéseivel és település-fejlesztéseivel a kisvárossá válás útján haladt Marcali. A II. világháború végén hadszíntér volt, a nagyközség igen súlyos károkat szenvedett. 1977-ben visszanyerte városi rangját, Bize, Boronka és Horvátkút az "új" városba olvadt.